InkscapeのXML Editorで見れる個別要素の座標は単位修飾子の無い”ユーザー単位”ですが、デフォルトではmmで展開され、他の単位については96dpi相当の座標変換を経て描画されることで見かけ上のサイズ・位置を保っています。
これを例えばpx環境にしようとして、Tool Controls Bar(ツールコントロールバー)でpxを選んだり、File(ファイル) -> Document Properties(ドキュメントのプロパティ)のDisplay unitsでpxに変更しただけだと、画面上の座標は反映されて変わるもののXMLの座標に変化はなく、読み取りも書き込みもmmの振る舞いのまま変化がないように見えます。
ユーザー単位はpxの解釈でやり取りしたい場合もあるので、この状況を変更する方法を3通り紹介します。やってることは同じです。ご存じの方はお察しだと思いますが内容的にはScaleの話だけになります。